Né d'une famille d'aristocrates monarchistes portugais, il fait des études de droit avant d'entreprendre une carrière diplomatique. Il travaillera durant 10 ans en Belgique avant d'être nommé consul à Bordeaux. Il es proche de sa retraite en 1940 et n'a jamais manifesté aucun intérêt pour la politique. Ce sera la débâcle française avec son flot de réfugiés qui l'amènera à jouer un rôle particulier. Notons que le dictateur Salazar est parvenu à maintenir la neutralité du Portugal, mais ses opinions personnelles sont plutôt favorables à Hitler. Par la circulaire 14, il ordonne aux consuls de refuser l'octroi de visas aux catégories suivantes: les étrangers de nationalité indéfinie, contestée ou en litige ; les apatrides ; les Jufs expulsés de leur pays d'origine ou du pays dont ils sont ressortissants. Cependant, à Bordeaux où le gouvernement français s'est réfugié, affluent des dizaines de milliers de réfugiés qui veulent fuir l'avancée nazie et parvenir au Portugal ou aux États-Unis. Pour cela, il leur faut un visa du consulat portugais, que Sousa Mendes est donc chargé de dispenser avec parcimonie. Or, le consulat est envahi de réfugiés désirant atteindre Lisbonne.

Fin 1939, De Sousa Mendes désobéit et donne quelques visas. Parmi ceux qu'il décide d'aider se trouve le rabbin Jacob Kruger qui lui fait comprendre que ce sont tous les réfugiés juifs qu'il faut sauver. Le 16 Juin 1940, il décide de délivrer des visas à tous les réfugiés qui en font la demande: Désormais, je donnerai des visas à tout le monde, il n'y a plus de nationalité, de race, de religion. Aidé de ses enfants et neveux, ainsi que de Kruger, il tamponne les passeports à tour de bras, signe des visas sur formulaires, puis sur des feuilles blanches et tout morceau de papier disponible. Aux premiers avertissements de Lisbonne, il aurait déclaré: S'il me faut désobéir, je préfère que ce soit à un ordre des hommes qu'à un ordre de Dieu. Alors que Salazar a déjà demandé des mesures contre lui, le consul poursuit, du 20 au 23 Juin, son activité à Bayonne dans le bureau du vice-consul médusé, alors même qu'il est entouré par deux fonctionnaires de Salazar chargés de le ramener d'autorité. Le 22, la France a demandé un armistice. Sur la route d'Hendaye, il continue à écrire et signer des visas pour les réfugiés d'infortune qu'il croise à l'approche de la frontière. Or, le 23, Salazar l'a démis de ses fonctions. Après la fermeture du poste frontière d'Hendaye et en dépit des fonctionnaires envoyés pour le ramener, il prend avec sa voiture la tête d'une colonne de réfugiés qu'il guide jusqu'à un petit poste de douane où, côté espagnol, il n'y a pas de téléphone. Le douanier donc n'a pas encore été informé de la décision de Madrid de fermer la frontière avec la France. Sousa Mendès use du prestige de sa fonction de consul (théorique, puisque démis de ses fonctions) et impressionne le douanier qui laisse passer tous les réfugiés qui pourront ainsi, munis de leur visa, gagner le Portugal.